经典自然选择学说和亲缘选择理论难以解释有机体的利他行为。互惠理论提出，一个有机体付出代价帮助另一个有机体，可以在下一次受另一个有机体帮助时获益更大。以此为基础，人们建立起标准迭演囚徒困境博弈模型、修正的囚徒困境博弈模型以及厨师困境博弈模型，对不同情况下的利他现象作出了解释。互惠利他主义博弈论模型的形而上学预设，是有机体的行为理性。行为理性不同于工具理性和价值理性。后二者中理性的主体都是有意识的人或者人的集团，而行为理性中并不需要主体具有主观动机，只需要它们有行为。互惠利他主义的博弈论模型中的基本假定，都建立在理性预设的基础之上。行为理性冲击了我们通常的理性概念，在利他现象的研究中显示出其方法论优势。