摘　要：系统生物学方法论的前沿研究由于其全方位和多层次的特点，成为科技哲学领域颇受关注的难点。系统生物学家们先后提出六种进路，即分子生物学方法论、新系统生物学方法论、机械论方法论、定性和因果模型方法论、综合模型方法论和数据与模型融合方法论以解决其方法论问题。尽管它们分别显示出其科学实践和理论意义的优越性，但因其缺点亦饱受诟病，故目前尚无单一主张获得诸方共识。要走出此困境，我们不仅应理清其历史的哲学矛盾根源，还需处理既有生物学现有方法论的融合和进一步探索生命的认识论问题。关于系统生物学哲学方法论前沿困境的思辨对于生物学各分支、系统科学乃至整个科学体系的拓展和延伸具有积极意义。
关键词：系统生物学  方法论  认识论  前沿  系统科学