摘　要：系统生物学的最终目的是解析生命的复杂性。它是21世纪初科学革命的产物，出现于代谢通路理论、生物控制论和各种“组学”的多学科交叉点上，是非线性的“学科整合”的结果。从科学哲学观点看，单纯的还原论与整体论各有局限性，而还原论与整体论的融合则构成系统生物学的哲学基础。“硅细胞”模型表明，计算机模拟和数值实验是系统生物学的有力的方法论工具，提供了揭开生命复杂性之谜的钥匙。生命的涌现性质，是按线性叠加方式是不可计算、不可预测的，却是按非线性叠加方式却是有条件地可计算、可预测的。系统生物学的出现，有力地确证了“系统科学=生物学理论背后的元理论”的观点。
关键词：系统生物学  还原论与整体论“硅细胞”模型  涌现  系统科学是生物学的元理论